Tarikh penubuhannya tidak pasti, namun difahamkan kebanyakan pihak telah 1088[6] terutamanya dengan bukti kajian dilakukan sejarawan terkenal Giosuè Carducci pada abad ke-19.[7] [8] [9]

Universiti ini dikurniakan suatu piagam diraja (Authentica habita) oleh Maharaja Rom Suci Frederich I pada tahun 1158. Walau bagaimanapun, perkembangan institusi ini kepada suatu universiti adalah proses yang beransur-ansur; menurut sejarawan Paul Grendle, badan ini "tidak mungkin ada pengajar dan organisasi yang secukupnya sehingga mampu merainh status universiti sebelum 1150-an, dan ia mungkin tidak berlaku sebelum tahun 1180-an." [10]